La prisión preventiva es una medida excepcional que solo debe aplicarse cuando no existan otras alternativas menos graves y cuando sea estrictamente necesaria para asegurar el desarrollo del proceso penal, conforme al principio de excepcionalidad reconocido en el artículo 139 inciso 3 de la Constitución Política del Perú y reiterado por el Tribunal Constitucional en la STC Exp. N.º 029-2005-PHC/TC, donde se estableció que la prisión preventiva no debe convertirse en una regla general sino aplicarse como última ratio. Cuando esta medida se impone de manera automática por la gravedad del delito o por presión social, se transforma en una pena anticipada, prohibida por el artículo 2 inciso 24 literal c de la Constitución, que consagra el derecho a la libertad personal.
El uso excesivo de la prisión preventiva vulnera el principio de proporcionalidad, el cual exige que toda medida restrictiva de derechos sea idónea, necesaria y razonable, conforme a la jurisprudencia del Tribunal Constitucional y a los estándares desarrollados por la Corte Interamericana de Derechos Humanos, especialmente en el Caso Chaparro Álvarez y Lapo Íñiguez vs. Ecuador (2007), donde se señaló que la privación preventiva de libertad solo es legítima cuando no existan otras medidas menos gravosas y eficaces, como la comparecencia con restricciones, cauciones económicas o vigilancia electrónica. La imposición de la prisión preventiva pese a existir estas alternativas constituye una restricción arbitraria e innecesaria del derecho fundamental a la libertad.
Asimismo, la aplicación indiscriminada de la prisión preventiva vulnera el derecho a la presunción de inocencia, reconocido en el artículo 8.2 de la Convención Americana sobre Derechos Humanos y en el artículo 139 inciso 3 de la Constitución, al generar un adelanto ilegítimo de la pena. El Tribunal Constitucional ha advertido en la STC Exp. N.º 0014-2002-HC/TC que la prisión preventiva no puede convertir al imputado en culpable anticipado, mientras que la Corte Interamericana de Derechos Humanos, en el Caso Suárez Rosero vs. Ecuador (1997), indicó que la detención preventiva excesiva impide un ejercicio adecuado del derecho de defensa, afectando gravemente el debido proceso y colocando al imputado en una situación de desigualdad frente a la acusación.